自分が利用したオプションのメモ。
あくまで自分が利用した範囲にとどまるので、一般的な使い方は他をあたった方が無難だと思われる。
1. fastq-dumpを用いたsraからfastqへの変換
"--spot-group" or "-G"
バーコード付きの配列が1つのsraファイルに混在しているとき、自動的にバーコードを認識してバーコードごとに分割されたfastqを作成するオプション
"--split-files"
ペアエンドの配列が1つのsraファイルに混在しているとき、対応づけてhoge_1.fastq, hoge_2.fastqに変換するオプション
